Station Amersfoort Vathorst is een in 2006 geopend station in de Vinex-wijk Vathorst, en ligt tevens vlakbij het dorp Hooglanderveen. Het station bestaat uit drie sporen met elk een afzonderlijk perron. De drie perrons zijn onderling met elkaar verbonden via de Laakboulevard. Aan de noordzijde, dicht bij het winkelcentrum, bevindt zich het busplein.

De doorgaande sprinters richting Amersfoort stoppen op spoor 1, en de sprinters richting Zwolle op spoor 3. Het middelste spoor 2 is een zogenaamd keerspoor, waar momenteel de sprinters van en naar Amsterdam hun begin-/eindpunt hebben.